Molecular characterization of hepatitis A virus isolated from acute infections in Turkey

Abstract

Giriş ve Amaç: Hepatit A virüsü özellikle gelişmekte olan ülkelerde yaygın olmak üzere küresel bir sağlık problemidir. Özellikle çocukluk döneminde meydana gelen hepatitin de en yaygın sebebidir. Hepatit A virüsü pozitif tek zincirli bir RNA virüsü olup, 3 insan 3 maymunumsu genotipi olmak üzere toplam 6 genotipi vardır. Bu çalışmanın amacı ise, Türkiyenin farklı coğrafi bölgelerinden hepatit A virüsü ile enfekte olmuş hasta serumlarının analizlerine bağlı olarak en yaygın hepatit A virüsü genotipini saptamaktı r. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya Türkiyenin farklı coğrafi bölgelerinden hepatit A virüsü ile akut infeksiyonlu 137 hasta dahil edilmiştir. Alınan serum örneklerinden elde edilen hepatit A virüsü genomunun VP1-2A bölgesi gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile çoğaltılmış ve bu örneklerin dizi analizi sonucunda filogenetik analiz yapılmıştır. Bulgular: Hepatit A virüsü genomunun VP1-2A bölgelerinin sekans ve filogenetik analizleri sonucunda Türkiyede ki en yaygın genotip IB olarak bulundu (%100). Türk izolatları ile genotip IBnin referans sekansı arasında yapılan karşılaştırmada benzerlik %94,9 oranında bulundu. Aynı karşılaştırma Türk izolatları ve referans hepatit A virüsü genotip 1B, HM175 ile yapıldığında aralarındaki benzerlik %95,3 ile %100 arasında değişkenlik göstermiştir. Türk izolatlar kendi aralarında Mean Percentage Nucleotide Distance analizi ile karşılaştırıldıklarında ise aradaki benzerlik %95.3 ile %100 arasında değişkenlik gösterdi. Sonuç: Yapılan filogenetik analizler sonucunda Türkiyede ki en yaygın genotipin IB olduğu gözlemlendi. Yapılan sekans analizi sonucunda elde edilen veriler, lokal veya büyük bir salgının var olup olmadığının anlaşılmasında önemli bir veri kaynağı oluşturarak, yapılacak olan müdahelelerin doğru ve zamanı nda olmasına yardımcı olmaktadır.